Analisis Profil Protein dan Bioinformatika Protein CAgA Bakteri Helicobacter pylori Sebagai Dasar Pengembangan Reagen Diagnostik

Abstract

Helicobacter pylori (H. pylori) adalah bakteri patogen gram negatif, dan infeksinya menyebabkan peradangan pada jaringan lambung, yang menyebabkan tukak lambung. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi profil protein, berat molekul, komposisi asam amino, sifat fisiko-kimia, struktur primer, sekunder, dan lokasi gen. Peneliti dituntut menemukan molekul protein yang mampu memberikan dampak besar dalam pengembangan reagen diagnostik yang spesifik dan sensitif. Jenis penelitian ini adalah deskriptif yang didukung studi literatur.  Salah satu faktor virulensi bakteri H. pylori adalah protein CAgA. Sampel penelitian berupa sekuens protein CAgA yang diambil dari databased NCBI dengan accession number ACY01385.1. Analisis sifat-fisiko protein Nra menggunakan perangkat bioinformatika ProtParam yang disajikan secara deskriptif. Hasil penelitian menunjukkan bahwa protein CAgA memiliki berat molekul 17569.87 Dalton yang tersusun dari 161 asam amino (161 aa), memiliki pI >7 yaitu 9,55, ini menunjukkan bahwa protein tersebut bersifat basa. Komposisi atom yang dimiliki protein CAgA adalah Carbon (C) = 775, Hydrogen (H) = 1258, Nitrogen (N) = 224, Oxygen (O) = 241, Sulfur (S) = 0. Jumlah atom dari protein CAgA sebanyak 2498 dengan rumus kimia C₇₇₅H₁₂₅₈N₂₂₄O₂₄₁. Hasil indeks stabilitas sebesar 26.82  ini menunjukkan bahwa protein ini diprediksi stabil. protein CAgA memiliki indeks alifatik sebesar 82.98 yang menunjukan hasil bahwa protein ini diprediksi dapat stabil pada kisaran suhu yang luas (termostabil). Indeks GRAVY dari protein protein CAgA memiliki nilai indeks -0.671 yang artinya protein ini bersifat hidrofilik. Jumlah total residu negatif (Asp+Glu) dari protein CAgA sebanyak 18 sedangkan jumlah total residu positif (Arg+Lys) dari protein CAgA sebanyak 25.